Finalmente, contra todo pronóstico, Juanfer Quintero firmó contrato con River y será nuevamente jugador del Millonario. El colombiano, habitual en la Selección Nacional, tendrá su tercer ciclo como jugador de River, iniciando su andar en el Millonario en la Copa Libertadores 2018, donde brilló en la final ante Boca.
El último partido disputado por Juan Fernando Quintero con América de Cali fue el 12 de junio de 2025, en un encuentro correspondiente a los cuadrangulares semifinales de la Liga BetPlay 2025-I frente a Deportes Tolima, donde el equipo escarlata cayó derrotado. Según reportes, Quintero expresó su tristeza por la derrota y destacó la autocrítica del equipo, reconociendo el mérito del rival: “Personalmente, muy triste por la derrota. A veces nos aceleramos, perdemos pelotas fáciles… pero también hay que darle mérito al Tolima: con mucho o con poco, hicieron su trabajo”.
En este compromiso, Quintero jugó como titular, completando los 90 minutos, como lo hizo en 15 de los 21 partidos que disputó con América en 2025. Aunque no registró goles ni asistencias en este encuentro, su liderazgo y jerarquía fueron clave para el equipo.
Juan Fernando Quintero, quien llegó al América de Cali en enero de 2025 procedente de Racing de Avellaneda por 2.5 millones de dólares, tuvo una temporada destacada, aunque no exenta de altibajos debido a lesiones, convocatorias con la Selección Colombia y una sanción por expulsión.

Por la Liga BetPlay 2025, Quintero disputó 11 partidos en la fase todos contra todos, siendo titular en 9 ocasiones y acumulando 545 minutos. Anotó 3 goles y proporcionó 3 asistencias, demostrando su influencia en el juego ofensivo del equipo.
En la Copa Sudamericana, Quintero fue un pilar fundamental, participando en 7 partidos y acumulando 625 minutos, todos como titular. Aunque no marcó goles, aportó 2 asistencias clave: una en el partido de repechaje ante Junior de Barranquilla, donde también anotó en la tanda de penales para asegurar la clasificación a la fase de grupos, y otra en la fase de grupos.
